Jitsi je Java aplikace, je tudíž multiplatformní, nezávislá na OS. Z tohoto důvodu svoji veškerou konfiguraci udržuje v podpůrných souborech (nezapisuje nic např. do Windows registrů apod.)
Ve Windows je její hlavní a de facto jediná konfigurace uložena v souboru %AppData%\Jitsi\sip-communicator.properties (typycky C:\Users\jmeno_uzivatele\AppData\Roaming\Jitsi\sip-communicator.properties). Tento soubor obsahuje kompletní natavení aplikace, tzn. jeho zkopírování na jiný počítač do adresáře %AppData%\Jitsi\ "přenese" celý profil.
Adresář ..\Roaming\Jitsi obsahuje i ostatn
Podpůrné soubory jsou ještě v adresáři %localappdata%\JitsiNastavení call waiting
Call waiting parametr lze nastavit jen přímo do konfiguračního souboru, resp. autokonfigurační šablonou:
net.java.sip.communicator.impl.protocol.CallWaitingDisabled=true