Jitsi je Java aplikace, je tudíž multiplatformní, nezávislá na OS. Z tohoto důvodu svoji veškerou konfiguraci udržuje v podpůrných souborech (nezapisuje nic např. do Windows registrů apod.)
Ve Windows je její hlavní a de facto jediná konfigurace uložena v souboru %AppData%\Jitsi\sip-communicator.properties (typycky C:\Users\jmeno_uzivatele\AppData\Roaming\Jitsi). Podpůrné soubory jsou ještě v adresáři %localappdata%\Jitsi
Hlavní zásadní konfigurace konkrétně v souboru sip-communicator.properties